تأسست ادرة المعاهد الأهلية حسب القرار الوزاري رقم 440/2002 الذي يقضي بشأن استحداث ادارة المعاهد الأهلية وتبعيتها للإدارة العامة للتعليم الخاص .وفي عام 2003 تقرر الغاء اختصاص الإدارة العامة للتعليم الخاص بوزارة التربية.